应用Graphpad prism分析绘图-3组及以上数据

 
2022
本期内容有点长，耐心看完，相信可以帮到你
软件：Graphpad prism 9
数据：以qpcr的R2-△△Ct值为例（3组，每组10个生物学重复样本）
C
T
M
1.00
0.45
0.89
0.80
0.56
0.83
0.87
0.49
0.66
1.01
0.64
0.80
0.71
0.51
0.87
0.92
0.42
0.78
0.78
0.30
0.67
1.13
0.54
0.71
1.07
0.62
0.78
1.10
0.65
0.66
 
 
01
 

打开Graphpad prism 9，选择Column

 

 
 
02
 

复制qpcr的R2-△△Ct数据，粘贴到Data Tables中

 

 
 
03
 

 找到Graphs（图），点击以上数据对应的名称,就会出现图形了

 
 
04
 

选择图形，图形有Individual values，Box and violin，Mean/median & error，可以选择自己喜欢的图形，这里选择Individual values中的第二个，如下图；plot选择“mean with SEM”（均数加减标准误），SEM为标准误，与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n)，因此SEM会远小于SD，作图会更好看些

 

 

 

 

 
 
05
 

5. 接下来是调整图形的颜值：

（1）调整命名，可选择删除Data1和Xtitle标题，点击Y轴重新命名

（2）通过change版块调整

：更换图表类型；

：选择colors，默认选择蓝色和、红色和绿色；

：调整图形的大小；

：改变X轴和Y轴的信息；

 

 

：改变柱子的外观

 

根据以上方法，按照自己喜欢的风格，自己多摸索，就可以得到做出自己喜欢的图形，我们得到的图形如下：

 
 
06
 

 

接下来就是进行统计学分析了，首先我们先看一下统计学分析思路：

 

 
 
07
 

需要确定是否符合正态分布：点击Analysis，选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests，即正态性检验

 

 
 
08
 

看正态分布检测结果，一般认为，P>0.05时，数据符合正态分布。这里有几个检测，都满足了正态分布，可以考虑用参数检验中的One-way ANOVA检验（如果不满足，则选择非参数检验）

备注：结果列表中，当几种检验不一致时，小样本以shaprio-wilk test为准，大样本以kolmogorov-smimov test为准。

 
 
09
 

点击对应的Data，点击Analysis，选择Column analyses——选择One-way ANOVA(and nonparametric or mixed) 即单因素方差分析或非参数检验

 

 

 
 
10
 

查看结果，P值>0.05,故满足方差齐性。(注意，如果不符合方差齐性，需要重新进行One-way ANOVA(and nonparametric or mixed即非参数检验)，equal SDs选择Brown Forsythe and welch ANOVA test矫正，再重复一次分析)

 
 
11
 

显著性分析结果，可以看出还算有显著性差异的

 
 
12
 

显著性分析结果作图，prism 9以上的版本，可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons。

 
 
13
 

保存。建议保存矢量图格式，如PDF，也方便后续在AI上编辑。

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2022年11月25日 21:21
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