生物信息学服务

在数据库中使用KEGG.BIND.HPRD等信号传输通路,以及基因.蛋白质.化合物之间的作用关系,在目标基因组中构建基因与基因产物之间的信号传输网络,通过信号传输网络获得基因之间的相互作用关系。信号传输网络可以通过图论分析获得网络的核心调节基因,反映样本在整体层面的基因调节机制。

 


Demo:
图注说明:Node代表基因,红色代表上调基因,蓝色代表下调基因。Line代表两个基因之间的关系,不同的line类型代表不同的方式(如激活).抑制.磷酸化.去磷酸化等。),箭头指向代表进出(可以区分上游基因和下游基因)。
文章案例1:研究构建H2AX低表达A549细胞,与对比A549细胞表达谱检测,经差异分析和功能通路丰富分析,构建全球信号转移网络,根据属性值构建degree筛选十大基因,进一步采用PCR验证。(芯片检测+中康博提供数据分析)

文章案例2:实验分为对照组和对照组SiNPs处理组以斑马鱼为研究对象,对两组3:3样本进行表达谱检测。差异和功能通路丰富后,进一步构建全球信号转移网络,筛选出核心差异基因,并根据degree选择一个基因(如价值和自我研究)jak1.jak2a)进一步验证。(芯片检测。+中康博提供数据分析)

2022年7月20日 10:13
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